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Nanoporetech分析解决方案
发布时间： 2022-09-16 点击次数： 427次北京华新康信现货 大力回馈新老客户，现货打折出售，现有品牌和种类，新老客户可以自由选购：
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Nanoporetech
纳米孔测序数据分析解决方案
纳米孔测序具有许多显着优势，可以根据您的要求定制测序过程：
实时碱基检出，可立即访问结果
获得足够数据后立即停止测序
停止、清洗和重复使用流通池
使用 Guppy 进行板载碱基识别意味着既不需要本地基础设施也不需要稳定的互联网连接
纳米孔测序分析工作流程简单易行：从原始数据采集到分析完成和实验解释的五个步骤。从数据采集开始的那一刻起，就可以实时进行分析。如本页所述，Oxford Nanopore 在每个阶段都提供解决方案，满足所有用户需求、应用和生物信息学专业知识水平。
显示纳米孔测序工作流程概述的图表
使用 MinKNOW 进行原始数据采集
MinKNOW 是驱动纳米孔测序设备的操作软件，执行多项核心任务，包括数据采集、实时分析和运行反馈、本地碱基调用和数据流。自适应采样也被纳入 MinKNOW；这是一种新的靶向测序方法，不需要额外的文库准备——软件本身实时拒绝或接受感兴趣的区域。
MinKNOW 根据您的喜好生成 FAST5 (HDF5) 文件和/或 FASTQ 文件。FAST5 文件包含可用于碱基识别和识别碱基修饰（例如甲基化）的原始信号数据。
碱基调用和原始数据分析
碱基识别可以定义为将通过纳米孔的 DNA 或 RNA 链产生的电信号转换为链的相应碱基序列的过程。
有多种碱基调用工具可供选择，其中一些得到*支持，一些正在开发中。Guppy 是前者的一个例子，它是一个数据处理工具包，其中包含 Oxford Nanopore 的碱基调用算法和几个生物信息学后处理功能，例如条形码/解复用、适配器修剪和对齐。Guppy 工具包还从原始信号数据执行修改后的碱基检出（5mC、6mA 和 CpG），生成额外的 FAST5 修改后的碱基概率文件。Guppy 已集成到 MinKNOW 中，也可作为独立版本使用。
Oxford Nanopore 的 GitHub 上提供了诸如 Bonito 之类的研究 basecaller，为用户提供了访问当前正在开发的新、高性能算法的权限。
向前分析
一系列方法可用于纳米孔测序数据的下游分析，以满足生物信息学专业知识的所有要求和水平。
Oxford Nanopore 提供EPI2ME，这是一个基于云的分析平台，提供实时分析工作流程，无需命令行经验。EPI2ME 实验室教程以教程格式提供运行后分析工作流程，旨在培养纳米孔序列数据分析和探索的技能和信心。EPI2ME Labs Workflows自动化教程数据流，以实现高通量和更“不干涉”的序列分析。纳米孔测序设备的标准数据输出还可用于牛津纳米孔团队不断开发和发布的各种研究软件。最后，一系列社区开发的工具可用，由用户社区开发，用于各种研究应用。
加入社区 出版物
我应该使用哪种分析方法？
EPI2ME EPI2ME 实验室教程 EPI2ME 实验室工作流程 社区开发的工具 研究软件和定制分析
需要生物信息学能力 不需要生物信息学能力 需要生物信息学能力 需要相当高水平的生物信息学能力 需要相当高水平的生物信息学能力 需要高水平的生物信息学能力
如何 使用基于云的 EPI2ME 平台进行实时分析工作流程。 使用 EPI2ME Labs 进行本地、运行后分析和数据探索。 通过简化的自动化 Nextflow 工作流程访问 EPI2ME 实验室教程。 运行由 Nanopore 社区编写和开发的开源工具。 访问 Oxford Nanopore 的新研究算法
在哪里 EPI2ME 仪表板 EPI2ME 实验室教程 EPI2ME 实验室工作流程 社区开发的工具 牛津纳米孔 GitHub此链接需要 Nanopore Community 访问权限。
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EPI2ME：实时分析工作流程
EPI2ME 实验室教程：指导的生物信息学工作流程
EPI2ME 实验室工作流程：简化的自动化分析
社区开发的工具
研究软件：新算法
“我的锅里有什么？”的截图 工作流程
EPI2ME：实时分析工作流程
EPI2ME 是一个基于云的数据分析平台，可轻松访问多个工作流程，以实时对纳米孔数据进行端到端分析。直观的图形界面有助于解释单个或多个条形码样本。完整的 QC 指标提供有关运行性能的反馈，包括读取次数、读取长度分布和质量分数。
下表描述了 EPI2ME 平台上提供的分析工作流程。有关每个工作流程的更详细说明和教程视频，请点击“分析工作流程”链接。
微生物分类
分析工作流程 描述
我的锅里有什么（FASTQ WIMP） 基于离心机分类引擎的执行，对真菌、细菌、病毒或古细菌进行快速物种识别。输出：实时构建分类树。观看 WIMP 视频
FASTQ WIMP – 人类 + 病毒 快速、实时的生物识别：类似于 FASTQ WIMP，但使用仅限于人类基因组和完整病毒基因组序列的数据库 (NCBI RefSeq)。输出：实时构建分类树。观看 WIMP 视频
16S分类学分类 使用16S rRNA基因在属水平上实时鉴定细菌和古生菌；通过纳米孔长读长，实现了全长 16S rRNA 基因的测序。实验工作流程涉及生物样品的 16S 基因扩增和纳米孔测序。16S 快速测序试剂盒可在纳米孔商店购买。输出：分类报告，包括分析的读数数量及其分类。观看 16S 视频
ARMA - 抗菌素耐药性 综合分析个体和宏基因组样本中的抗菌素耐药性 (AMR)。ARMA 工作流程通过与 CARD 数据库集成的 ARMA 使用 WIMP 物种鉴定和 AMR 鉴定，从 FASTQ 数据中识别出导致抗生素耐药性的基因。输出：报告详细说明发现的抗性基因和基因概述（覆盖深度、比对细节以及来自 CARD 数据库的特定基因的抗性概况）。观看 ARMA 视频
FASTQ ARTIC + Nextclade 基于ARTIC FieldBioinformatics 软件生产高质量的 SARS-CoV-2 共有序列。使用Nextclade 软件评估共有序列，以可视化遗传变异和进化枝分配。输出：共识序列 FASTA 文件和 Nextclade 报告。
人类基因组分析
人类外显子组 *的外显子组比对和分析。可用于多种分析，包括扩增子测序、序列捕获和序列富集。使用 minimap2 对齐器将读取与人类外显子组对齐。输出：报告提供测序和比对指标，按基因列出。
FASTQ SV 调用者 一键分析人类全基因组数据集与参考基因组中的结构变异（缺失、插入和重复）。输出：报告提供可搜索的变体列表及其基因组位置，以及结果的 VCF 文件。观看 SV 来电视频
结盟
人类比对 GRCh38 使用 minimap2 对 GRCh38 人类参考进行实时 FASTQ 比对。输出：比对报告显示每条染色体的覆盖深度和比对的准确性。
FASTA 参考上传 自定义参考 FASTA 文件上传到 EPI2ME，以便使用自定义对齐工作流程进行后续读取对齐。输出：对齐成功报告。
FASTQ 自定义对齐 通过上传和对齐自定义 FASTA 参考，无需复杂的生物信息学管道，即可根据您的特定要求定制测序分析。使用 minimap2 对齐器将读取与上传的自定义 FASTA 参考对齐输出：报告说明对齐成功，包括参考的覆盖深度、对齐精度和每个条形码分析的读取数。
质量控制和原始数据处理
条形码 测序数据中条形码的多路分解；条形码选项可以在其他工作流程中选择，例如 WIMP 或人类外显子组。输出：在各个子文件夹中返回的多路分解读取；还会生成条形码报告，包括每个条形码的读取次数。
FASTQ DNA 对照实验 DNA 质量控制。建议在对您自己的样品进行测序之前运行 Lambda 对照实验以试用您的纳米孔测序平台。输出：报告详细的序列长度、准确性、质量得分和生成的数据量。
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登录或注册以继续。FASTQ RNA 对照实验 RNA 质量控制。建议在对您自己的样本进行测序之前，进行 RNA 对照实验以试用您的纳米孔测序平台。输出：报告详细的序列长度、准确性、质量得分和生成的数据量。
连接测试 检查以确保 EPI2ME 基于云的分析正常运行，并且可以上传和下载 base called 读数。输出：确认读取上传和下载成功。
网页
EPI2ME 平台（需要社区访问）
技术文件
EPI2ME、EPI2ME 产品和工作流程简介（需要社区访问）
海报
我的锅里有什么？(WIMP)，一种用于实时物种识别的定量分析工具
协议
EPI2ME使用详细说明（需要社区访问）
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