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发布时间： 2022-11-28 点击次数： 587次北京华新康信现货 大力回馈新老客户，现货打折出售，现有品牌和种类，新老客户可以自由选购：Epicypher北京试剂
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CUTANATM ChIC/Cut & Run Kit 895.00 SKU: 14-1048包装: 48个反应
CUTANATM ChIC/CUT & RUN 试剂盒能够简化组蛋白翻译后修饰(PTM)和染色质相关蛋白的染色质分析，同时通过多通道移液提供增加的吞吐量和可重复性
包括阳性(H3K4me3)和阴性(IgG)对照抗体与 SNAP-CUTANATM 加入对照配对以进行测定优化和连续监测(图2)。包括用于数据标准化的大肠杆菌 DNA。该试剂盒适用于各种输入，包括来自天然、低温保存或交联样品的细胞或细胞核。虽然建议从500,000个单元格开始，但是只需要5000个单元格就可以生成可比较的数据。包括对照和与不同的目标类型，样品输入和低细胞数量的兼容性使这个试剂盒成为染色质定位实验的选解决方案。如需大量订购，请联系
试剂盒内容试剂盒包含缓冲液，酶，磁珠，对照抗体，穗对照，8条管，和自旋柱必要的准备和纯化 CUT & RUN DNA 从细胞或细胞核开始。有关协议所需的其他材料和设备，请参阅工具包手册。储存和稳定性立即打开试剂盒，并在室温，4 °C 和 -20 °C 下储存组件，如所示(见试剂盒手册的完整说明)。自收货之日起6个月内保持稳定。完整说明请参阅工具包手册。
Catalog No 14-1048
Lot No 22003004-81
包装尺寸48反应
产品描述: CUTANATM ChIC/CUT & RUN 试剂盒能够对组蛋白翻译后修饰(PTMs)和染色质相关蛋白进行流线型染色质分析，同时通过多通道移液提高通量和重复性。包括阳性(H3K4me3)和阴性(IgG)对照抗体与 SNAP-CUTANATM 尖峰对照配对用于测定优化和连续监测(图2)。包括大肠杆菌 DNA 用于数据标准化。该试剂盒适用于各种输入，包括来自天然、低温保存或交联样品的细胞或细胞核。虽然建议从500,000个单元格开始，但可比数据只需要5000个单元格即可生成。对照的包含，以及与不同的目标类型，样品输入和低细胞数量的兼容性，使得这个试剂盒成为染色质定位实验的选解决方案。
试剂盒内容: 试剂盒含有缓冲液，酶，磁珠，对照抗体，穗在对照，8条管，和纺锤体必要的制备和纯化 CUT & RUN DNA 从细胞或细胞核开始。有关所需的其他材料和设备，请参阅与套件版本3相对应的用户手册。
储存和稳定性: 立即打开试剂盒，并按照指示在室温，4 °C 和 -20 °C 下储存组件(参见与试剂盒版本3相对应的用户手册)。自收货之日起6个月内保持稳定。
使用说明: 请参阅与工具包版本3对应的用户手册。此工具包与以前的用户手册不兼容。
图1: CUT & RUN DNA 片段大小分布分析。使用 CUTANATM ChIC/CUT & RUNK 从500,000个 K-562细胞开始进行 CUT & RUN。使用从 IgG (13-0042k)和 H3K4me3(13-0041k)试剂盒对照抗体分离的 CUT & RUN DNA 制备配对末端 Illumina 测序文库。文库 DNA 采用安捷伦录音分析法进行分析。该分析证实单核小体在 CUT & RUN 中主要富集(? 300bp 峰代表150bp 核小体 + 测序衔接子)。
图2: SNAP-CUTANATM K-MetStat Spike-in 控件。代表16种不同的 K- 甲基 PTM 状态: H3K4，H3K9，H3K27，H3K36和 H4K20处的单甲基化，二甲基化和三甲基化的 DNA 条形码设计核小体(dNucs)以及未修饰的对照，在添加用试剂盒提供的对照抗体(IgG，H3K4me3)之前加入 CUT & RUN 样品。使用加入产品页面上提供的 shell 脚本和分析 excel 表，从 rawfastq 文件中计数和标准化每个加入条形码的实例，显示了 IgG (顶部，标准化为总读数的总和)和 H3K4me3(底部，标准化为目标)抗体与该试剂盒一起提供。刺激因子证实了最佳的实验条件(H3K4me3抗体特异性地回收了目标 dNuc，而 IgG 没有显示出优先富集)。
图3: CUT & RUN 全基因组热图。使用具有500,000个 K-562细胞的 CUTANATM ChIC/CUT & RUN 试剂盒生成 CUT & RUN 数据。在热图中显示了 IgG (左)和 H3K4me3(右)试剂盒对照抗体的两个重复(“ Rep")。对于18,793个基因，提供了与转录起始位点(TSS，+/-2kb)对齐的 CUT & RUN 信号(来自9-2500万个配对末端读数)。高信号和低信号按照强度排序(从上到下) ，并分别用红色和蓝色反射。每个热图中的基因行相对于 H3K4me3 Rep 1从高信号到低信号进行排序，证明了试剂盒工作流程的可重复性。
图4: 代表性的基因浏览器轨迹。CUT & RUN 数据生成如图3所示。对于 IgG 和 H3K4me3试剂盒对照抗体的两个重复(“ Rep") ，在 TRMT2A 基因上显示了一个代表性的161kbwindow。H3K27me3(AbClonal A16199)和转录因子 CTCF (EpiCypher 13-2014)的抗体也显示了代表性的踪迹。CUT & RUN 试剂盒为每个目标产生了预期的基因组分布。使用 Integrative GenomicsViewer (IGV，Broad Institute)生成图像。
使用核酸酶(CUT & RUN)进行目标下切割和释放是由 Steven Henikoff1博士小组开发的一种革命性的基因组定位策略。它从 Ulrich Laemmli2博士构建染色质免疫切割(ChIC) ，其中蛋白 A 与微球菌核酸酶(pA-MNase)的融合被募集到原位选择性切割抗体结合的染色质3。在 CUT & RUN 中，细胞或细胞核被固定在固体支持物上，从溶液中分离出 pAG-MNase 切割的 DNA 片段。该工作流程与下一代测序(NGS)兼容，以提供组蛋白翻译后修饰(PTM)和染色质相关蛋白(例如 TFs 和染色质重塑者; 图1)的高质量全基因组概况。
从历上看，ChIP-seq 是组蛋白 PTM 和染色质相关蛋白全基因组定位的主要方法。在这种方法中，大量染色质被超声波或酶消化破碎。然后免疫沉淀靶标特异性片段。尽管有广泛的优化和严格的洗涤条件，ChIP-seq 需要大量的细胞(通常是105-106个细胞)和输入染色质和免疫沉淀物质(通常每个 > 3000万读数)的深度测序来解析来自背景的信号。 ChIC 和 CUT & RUN 通过使基因组片段靶向释放到溶液中来革命性地研究染色质调节。通过这种创新，背景显着减少，允许使用少量细胞和每个反应只有300-800万测序读数的组蛋白 PTM 和染色质相关蛋白的高分辨率基因组作图(图2)。精简的工作流程和节省的成本使得 ChIC/CUT & RUN 适合更大的实验吞吐量，允许更深入和更快速的调查发现表观遗传生物学。
图2代表性的基因组浏览器轨迹显示了使用500,000个 K562细胞的 CUTANATM CUT & RUN 结果。对于各种表观遗传靶标，包括组蛋白 PTM (H3K4me3，H3K27me3，H3K27ac) ，转录因子(CTCF) ，表观遗传阅读蛋白(BRD4) ，使用每个反应的300-800万个测序读数观察到具有预期分布特征的清晰峰，编写酶(MLL1)和染色质重塑剂(SMARCA4)。兔 IgG 抗体显示为阴性对照(上图)。[0-301][0-301][0-418][0-926][0-180][0-332][0-95] IgGH3K4me3H3K27me3H3K27acCTCFBRD4MLLSMARCA4Fig 2TAL1 STIL CMPK1 LINC01389 FOXD2背景和描述7CUTANATM ChIC/CUT & RUN 试剂盒包含用于48种反应的材料，设计用于多通道移液，以实现 CUT & RUN 增加的吞吐量优势。该试剂盒包括阳性(H3K4me3)和阴性(兔 IgG)对照抗体以及 SNAP-CUTANATM K-MetStat 小组(携带广泛研究的赖氨酸甲基化 PTM 的16个 DNA 条形码设计者核小体)的等分试样。K-MetStat 面板被加入到控制反应中，直接监控实验的成功并帮助故障排除。此外，剪切的大肠杆菌 DNA 被加入到 pAG-MNase 切割后的所有反应中，以控制文库的制备并使 NGS 标准化成为可能。该试剂盒与细胞和细胞核兼容，包括低温保存和交联样品(图3)。虽然建议从500,000个单元格开始，但是只需要5,000个单元格就可以产生可比较的数据(图4)。包括严格的控制，以及与不同的目标类型，样本输入和细胞数量的兼容性使试剂盒理想的各种研究应用。
图3H3K4me3富集区域侧翼注释转录起始位点(TSS，+/-2kb)的 CUT & RUN 信号(红色)和背景(蓝色)的热图。基因行在整个条件下排列，表明样品类型保留了全基因组富集模式。
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