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    activemotif 常见问题问答

    发布时间: 2022-12-20  点击次数: 510次

    activemotif 常见问题问答

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    ATAC-Seq Kit常见问题

    1、此试剂是否和Buenrostro et alnature上发表的方法一样?

    Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017Corces et al. nature上发表的文章,优化了缓冲液以满足跟多的实验需求和高效的实验过程。

    2、试剂盒中包含的重组Tn5酶的来源是?

    此试剂盒中的Tn5是由我司克隆,表达,纯化,验证的超活性突变克隆。所提供的这款转座酶预先已链接好用于NGS测序的接头(adaptor)序列,所以它不许任何预处理过程,可直接用于实验。

    3、每个反应需要使用的小的细胞数量或者组织量是多少?

    50,000个细胞或20 mg组织样本。

    4、可以使用冻存的组织和细胞吗?

          可以,但样本得保证高质量且高活性,细胞应在控制速率冷冻中冷冻保存(例如细胞冻存液梯度冻存),冷冻介质的配方应防止冰晶形成和随后的细胞损伤,组织应在-80°C下快速冷冻。

    5、可将细胞核冻存后用于后续ATAC-seq实验吗?

    可以的,提取的细胞核可以-80℃冻存用于后续使用。制备的同样品细胞核可合并在一起增加样本量。

    6、可以使用FACS分选后的细胞吗?

    可能可以。但FACS后细胞可能会被破坏。一个高质量的ATAC-seq 文库需要高质量高活性的细胞。

    7、您是否建议使用40微米筛孔的细胞样本过滤器?

    是的,我们推荐使用Falcon 40微米过滤器(Falcon货号:352340)。

    8、所有样本都需要DNase处理吗?

    DNase的处理能够帮助确定悬液中游离DNA的去除,如线粒体DNA的去除,如果细胞样本中有15%的死亡率,细胞活性不够且必须使用此酶,它最终可能会移除你想要的细胞数据。只有当细胞是活较高时,并且不会被酶消化时,才建议将其作为一种选择。

    9、若没有thermomixer,是否还能使用此试剂盒?

    建议使用Thermomixer。然而,我们已经对此进行了测试,在37°C温度下不使用thermomixer而是在带热盖的热循环器中进行转座反应,反应能够成功。

    10、      是否能够室温融化此试剂盒包含的所有试剂盒组分,如master mixes和酶?

    除了转座酶和Q5 DNA polymerase 以外,其他试剂均可室温融冻。转座酶和Q5 DNA polymerase 包装中含有甘油,不会被冻结,请直接放在冰上使用。其他组分可融冻多次用于以后使用,所以不需要一次性将16次的试剂用完。

    11、      每个样本需要测序多少量的reads

    常规20 M reads的测序量就足够了。

     

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