coriell的*设备和专业知识详细介绍

发布时间： 2023-03-22　　点击次数： 542次

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概述科里埃尔研究所致力于推进研究，为教师、学生和合作者提供支持基础和转化研究的*设备和专业知识。为此，我们的研究核心设施在广泛的科学领域提供各种各样的服务; 这些不同的资源提供仪器，技术专业知识，培训和教育那些参与追求创新，端研究。这些设施扩大了调查人员的能力，促进了合作，加快了发现和翻译的速度。

生物信息学可用的分析工作流程: RNA-seqChIP-seqATAC-seqWES/WGE 减少表示亚硫酸盐定序(RRBS)微生物组宏基因组学(16S 测序) scRNA-seqscATAC-seqexample 标准输出: 用于在 UCSC 或 IGV 上追踪可视化的 RNA-seqC 报告文件(bigwig) ;BAM 比对文件可用于 requestRaw 基因计数表列出差异表达基因及其表达倍数变化和 FDR 校正的 p 值3可视化: PCA，热图，路径的火山图列表 RRBSQC reportBAM 比对文件(当请求时)所有检测到的 CpG 位点的完整甲基化表具有 p 值(FDR 校正)的差异甲基化 CpG 位点的列表可视化: PCA 图，热图,对于显着甲基化的 CpGs 列表附近 genesscRNA-seqC 报告条形码 BAM 比对文件可用(用于 GEO) UMI/Cell count tabletSNE 或 UMAP 聚类用于亚群列表差异表达基因列表及其表达倍数变化和 FDR 校正的 p 值基于聚类或实验条件(两者均为额外的2小时收费)。如果没有基于聚类的亚群确定，差异表达将基于实验条件进行。2可视化: 热图，火山图路径列表费用: 生物信息学分析起价每小时250美元。批量分析每个样品的估计费用

流式细胞术和细胞分选 Coriell 流式细胞术设备能够使用 BD FACSymphony (检测最大16种颜色)和 SONY 分选细胞分选(无菌，速度高达20,000个细胞/秒)从基于多达6个荧光染料的均匀或混合细胞群体中进行流式细胞术分析，其可以同时分选多达两个单独的群体，包括 BSL-2水平的人源样品。设施工作人员支持研究人员创建高效、低成本的实验设计ーー即通过优化特定于细胞计数的试剂和荧光染料的选择ーー并在分析仪器的操作方面提供协助。我们的设施还为流式和成像细胞术数据的分析提供技术支持，以便发表，介绍和纳入赠款申请; 管理细胞术数据(存储，归档和检索) ; 以及管理低成本获取后分析软件的现场许可证。

基因组学和表观基因组学基因组学，转录组学和表观基因组学服务针对基因分型和突变分析的深度测序针对单个等位基因的 DNA 甲基化分析的亚硫酸氢盐扩增子测序减少表征亚硫酸盐定序(RRBS)用于全基因组分析的 DNA 甲基化16S 核糖体 DNA 测序用于微生物组分析 Bulk 和单细胞用于基因表达分析的 RNA-seq Bulk 和单细胞 ATAC-seq 用于染色质可及性的全基因组分析用于 DNA 结合蛋白和组蛋白修饰的全基因组作图的 ChIP-seqS2聚焦超声波仪 Pyromark Q24焦磷酸测序平台 Applied Biosystems QuantStudio6 Flex 实时 PCR 仪器安捷伦生物分析仪2100Qbit 荧光计 NanoDrop 分光光度计 Invitrogen iBright CL1000凝胶成像仪

诱导多能干细胞科里尔的 iPSC 核心提供了多种服务，以满足您的干细胞需求。Coriell 的 iPSC 实验室拥有建立 hiPSC 系列的广泛专业知识，使用包括仙台病毒和附加质粒载体在内的不同方法重编程各种“亲本”细胞类型。Coriell 拥有一大批明显健康和疾病模式的 iPSC 系列，而且这些系列的数量还在不断增加。疾病特异性细胞系包括神经系统疾病、单基因疾病和染色体异常。几十年来，科里尔在帮助定义和实施生物样本收集、加工(确保无菌性、完整性和真实性)、质量保证(QA)、质量控制(QC)、深低温保存、样本安全储存、收集维护/库存管理和分销的最佳实践方面发挥了关键作用。Coriell 公司的实验室按照 ISO9001标准的严格的标准操作程序运作，细胞系资源经过全面的细胞系完整性和质量控制测试。就干细胞系而言，多能性和分化潜力的评估是使用各种技术平台进行的。在 Coriell 进行的标准细胞系 QC 检测(作为对科学界的一项服务)包括，但不限于: 生长和生存能力评估微生物和真菌不育检测支原体检测人类病原体检测身份检测(微卫星与亲本细胞培养物匹配)细胞遗传学 G 带核型微阵列基因分型确认无整合重编程使用干细胞表面标记通过免疫细胞化学和/或流式细胞术和碱性磷酸酶染色体体外胚胎体(EB)检测和定量分析三系分化潜能使用 RT-PCR 分析胚层特异性基因的表达多能性和三系分化潜能使用 Applied Biosystems TaqMan hPSC Scorecard Panel。

动物和异种移植科里尔动物和异种移植核心提供了广泛的服务，以协助异种移植动物研究的设计和实施。Core 公司拥有一个大型的免疫缺陷(NSG)小鼠繁殖群(约30对) ，以满足客户的需求。实验动物被安置在我们 NSG 专用的 BSL-2空间，该空间全配备了手术和生存手术所必需的所有设备。该设施的能力包括方位的异种移植模型，包括移植到 NSG 小鼠中的人 CD34 + 细胞，血液恶性肿瘤(AML，ALL)的原位患者衍生的异种移植(PDX)模型和实体瘤(即肝，卵巢，脑，肺)模型。联系连博士，

Coriell 的 Organoid Core 提供了多种3D 细胞培养模型，以满足研究人员的需要。3D 细胞培养模型，如类器官和球体，更接近地概括了细胞结构和细胞在体内自然生长的微环境。3D 模型的进步为器官发生、疾病建模和药物治疗提供了宝贵的研究机会。凭借 Coriell 在多种细胞类型和疾病模型方面的长期经验，我们已经优化了许多方案，以适应细胞系到细胞系和疾病模型的变化。高质量的细胞培养模型和工具是三维细胞培养成功的关键。Coriell 的 Organoid Core 能够为所有3D 细胞培养模型提供一致的可重复结果。

细胞成像科里尔细胞成像核心为新泽西州南部地区的研究人员提供了前沿光学成像能力。我们提供激光扫描和旋转圆盘共聚焦显微镜，光片显微镜，超分辨率显微镜技术和宽视场显微镜用于固定和实时成像。我们的特色共聚焦显微镜是奥林巴斯 fv3000共聚焦显微镜，使广泛的成像模式，包括宏观显微成像，超分辨率显微镜技术和定量数据分析。奥林巴斯 FV3000的其他关键特性是: TruSpectal 高灵敏度多通道成像系统使用专有的光谱检测技术，FV3000共聚焦显微镜的 TruSpectal 探测器结合了高灵敏度和光谱灵活性，甚至可以检测到最暗的荧光团。与传统的光谱探测技术相比，它的光传输能力提高了3倍。它还有独立的可调通道，以优化每个荧光团的信号检测。它的 lambda 扫描模式使得复杂的重叠荧光信号能够精确的光谱分解。FV3000显微镜的宏观到微观的工作流程为数据采集提供了一个路线图，使你能够在上下文中看到数据，并轻松定位感兴趣的区域以获得更高分辨率的成像。它使用一个低放大率1.25 X 或2倍的物镜来快速捕捉整个标本的大视场(FOV)地图。它可以识别覆盖地图上感兴趣的区域，然后切换到一个更高的放大率目标的高分辨率共焦成像到120纳米奥林巴斯超分辨率技术(FV-OSR)。

FV3000RS 混合扫描单元使用振镜扫描仪进行精确扫描，同时使用共振扫描仪，非常适合对活体生理事件进行高速成像。它可以使用共振扫描仪以大视场捕捉视频速率图像，其特点是使用剪辑扫描，速度从30帧率(fps)到最高438帧每秒(fps)。精确的时间延迟成像时间延迟实验需要一致的焦点和低光毒性的样品。奥林巴斯的 TruFocus 设备有助于在活细胞成像过程中保持聚焦，尽管温度发生变化或添加了试剂。FV3000显微镜的高灵敏度探测器需要的激光功率明显减少，而共振扫描仪减少激光照明时间，降低光毒性，为更多的生理准确的共焦成像数据。由于硅油的折射率接近于活体组织，因此硅油目标可以在组织内部以最小的球面像差进行高分辨率的观察。它的折射率匹配提供了一个理想的焦距体积，导致完的体积重建，并使大型生物体的高分辨率共焦成像。它的长距离工作能够在深度上进行详细的显微成像。利用三维重建软件，可以实时观察数据的展开情况，并且可以方便地观察结构。

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