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Seaphages北京试剂
产品时间：2022-09-16
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Seaphages
宿主细菌
拥有800 多个已测序的分枝杆菌噬菌体，我们热衷于扩大我们的网络，将在放线菌门内其他宿主上分离的噬菌体包括在内。这包括噬菌体，如节杆菌属、戈登氏菌属和红球菌属。
作为实现这一激动人心目标的手段，SEA-PHAGES 团队将分3 个阶段对新的放线菌宿主进行试验，每个阶段都将告知下一个最终目标，即建立最佳实践以协助整个 SEA 的噬菌体工作。
SEA-PHAGES 教师可以自愿参与这项工作的任何或所有步骤。各阶段描述如下。
单击此处查看当前处于 SEA-PHAGES 管道中的主机。
第一阶段：识别
识别阶段是将主机添加到我们的集合的第一步。此阶段的目标是确定宿主是否普遍适合课堂噬菌体环境。这一阶段可能由匹兹堡大学的 Hatfull 实验室、HHMI SEA-phages 小组或 SEA-PHAGES 计划内的任何机构进行。
您可以通过选择要处理的放线菌宿主并确定以下内容来参与此阶段：
生长参数（培养基、温度、孵育时间、菌落形态）
使用富集发现噬菌体的频率
请注意，处于鉴定阶段的宿主可能只是经过初步测试（即菌落和草坪可以在固体培养基上生长）。因此，这一阶段的测试可能适合独立实验室项目。如果您有兴趣选择除试点之外的放线菌宿主，我们建议您使用符合以下标准的宿主。
是一种 BSL1 放线菌
具有与课堂时间表兼容的生长条件
像草坪一样容易生长
可以分发给或可供 SEA-PHAGES 社区使用
第 2 阶段：试点
当宿主已经充分表征并确定了获得斑块的基本指南时，它们可能会进入试验阶段。此阶段的目标是在许多不同的实施环境中测试主机，并收集有关在 SEA-PHAGES 教室中使用主机的大量数据。这一阶段通常由 SEA-PHAGES 领导层协调，并涉及在同一学年在同一主机上工作的多个机构。
如果您选择参与试点阶段，您将测试以下参数：
噬菌体感染（富集、斑块形成/形态、缓冲液、滴度、储存）
分子生物学（DNA 提取、限制性分析、测序、电子显微镜）
第 3 阶段：验证
经过验证的主机现已准备好在 SEA-PHAGES 教室中广泛使用。基于试验数据的标准化协议可用于补充资源指南，协议发布在 PhagesDB 上。
主机选择指南
新的 SEA-PHAGES 学院
我们强烈鼓励所有新加入 SEA-PHAGES 计划的教职员工在采用新宿主之前使用 SEA 团队为您选择的细菌宿主成功实施一年的课程。成功的一年将需要通过向 GenBank 提交至少一个带注释的基因组来分离噬菌体。
目前的 SEA-PHAGES 教师
欢迎以前实施过 SEA-PHAGES 计划的教职员工参与开发新宿主的所有阶段。如果您决定测试新主机，请通过 info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 团队发送电子邮件，并附上您选择的主机和您打算如何实施试点的简要说明（例如在实验室中或在教室）。
与新主机合作
当您开始使用新宿主时，我们建议您按照资源指南或 PhagesDB 提供的协议中描述的耻垢分枝杆菌mc 2 155 的说明进行操作，但有以下关键例外。
首先在 30°C 的 PYCa 培养基中培养新的放线菌。准备 PYCa 媒体的协议可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟练使用新宿主，您就可以测试替代生长培养基和温度。
可以在 PhagesDB 上找到使用新主机的其他注意事项。
我们要求在新主机上工作的教职员工保持严谨的笔记，以便我们能够快速有效地建立最佳实践。与新主机合作的数据将使用 SEA-PHAGES 团队发送的在线数据收集表收集。您可以在此处查看数据收集表，以熟悉将被请求的信息类型。
SEA-PHAGES 宿主细菌的当前管道
耻垢分枝杆菌 mc²155
已验证| 空中交通管制委员会： 700084
协议
噬菌体：发现 11861 个| 2109 已测序
球形节杆菌 B-2979
已验证
噬菌体：发现 561个| 144 测序
节杆菌属 空中交通管制委员会 21022
已验证| 空中交通管制委员会： 21022
噬菌体：发现 707个| 226 测序
灰色链霉菌 ATCC 10137
已验证| 空中交通管制委员会： 10137
噬菌体：发现 444个| 109 测序
Gordonia rubripertincta NRRL B-16540
已验证
噬菌体：发现 254 个| 85个测序
Gordonia terrae 3612
已验证| 空中交通管制委员会： 25594
噬菌体：1917 年发现| 464 已排序
小叶微杆菌 NRRL B-24224
已验证
噬菌体：发现 3191个| 437 已排序
红球菌 RIA 643
试点| 空中交通管制委员会： 15903
最初在 ATCC 上列为红球菌。
噬菌体：发现 95 个| 41个测序
链霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410
试点
噬菌体：发现 45 个| 19 测序
短杆菌 NRRL B-14687
试点
噬菌体：发现 3 个| 1 个已排序
绿色发色链霉菌 DSM40736
鉴别
噬菌体：发现 27个| 18个测序
葡萄球菌NCIB 9291
识别| 空中交通管制委员会： 10234
噬菌体：发现 13 个| 8 测序
副氧化微杆菌 NWU1
鉴别
被内布拉斯加卫斯理大学隔离
噬菌体：发现 212 个| 29 测序
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其他的这些是菌株
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